انسان به عنوان اشرف مخلوقات بر روی زمین،موجودی است که دارای دو بعد جسمانی و روحانی است و برای محافظت از هر یک از این دو بعد وجودی خود طبیعتاً به دو سیستم دفاعی نیاز دارد: 

یکی برای بعد جسمانی- که در حیطه ی علم ایمنی شناسی بررسی می شود- و دیگری برای بعد روحانی.

علم ایمنی شناسی را در یک جمله « توانایی تشخیص و تمایز خودی از بیگانه» تعریف می نمایند ولی در پشت این تعریف به ظاهر ساده،  دریایی از شگفتی ها نهفته است.
در جسم که نازل ترین درجه ی وجودی انسان است به میزان زیادی مکانیسمهای ایمونولوژیک پیچیده وجود دارد، پس باید در عالم معنا که در واقع در بر گیرنده ی بعد روحانی ماست، نیز چنین قوانین مشابهی وجود داشته باشد تا آن بعد عالی تر ما (روحانی) از گزند آفتها مصون بوده و «ایمنی» برایش فراهم آید که هدف از خلقت انسان هم همین است.
معتقدین به مکتب، «هستی قانونمند است» و بر هر چه هست، قوانینی عمومی و همه شمول حاکم است. جهان در این مکتب، یک کل است و هر عنصری از جهان جزئی از این کل به شمار می آید. بین اجزای جهان همسازی همدردی و وحدت برقرار است و بر هستی، قانونی ازلی و همه شمول حاکم می باشد. از نظر آنها، این قوانین تجلی ذات الهی در جهان هستند.
در عوض، اتمیسم و رویکردهای تجزیه گرایانه در قالب مکتب مکانیستی، قوت گرفت. تحولات شگرف در طبیعت شناسی که در تاریخ علم به نام عصر انقلاب علوم (قرن 17) و نیز دوره ی مرسوم به انقلاب صنعتی (قرن 18 و 19) خوانده شده است، از ره آوردهای گرایش اتمی به جهان بودند.
شیوه ی تفکر ارگانیستی، بر مفاهیم جدیدی چون: «کلیت»، «نظام»، «سلسله مراتب» و «پویایی پدیده های زیستی» تأکید فراوان دارد. از این نظر گاه، یک موجود زنده، یک ارگانیسم کلی است که بسیاری از صفات آن نه از جمع خواص اجزاء، بلکه از تمامیت و کلیت آن ناشی می شود.

 در موجود زنده، واکنشی به نام متعادل ایستایی وجود ندارد، بر عکس هر ارگانیسم زنده همواره در حال «شدن» است.

به قول مولوی:

شد مبدل آب این جو چند بار       
عکس ماه و عکس اختر بر قرار
ای برادر عقل یک دم در خود آر     
دم به دم در تو خزان است و بهار
دم به دم نو می شود دنیا و ما      
فارغیم از نو شدن اندر بقا

و به قول هاتف اصفهانی
چشم دل باز کن که جان بینی  

آنچه نادیدنی است آن بینی
دل هر ذره را که بشکافی   
آفتابیش در میان بینی
تا به جایی رساندت که «یکی»    
از جهان و جهانیان بینی

آنچه را بر خود نمی پسندی بر دیگران نپسندی
اساس علم ایمان شناسی
چگونگی بدن،‌ خودی را از غیر خودی می شناسد

به قول دکتر بهرام الهی:
برای انسان این زمان، آن معنویتی ملموس و قابل درک است که صور و اصطلاحاتش را در زندگی امروزی،‌بخصوص در علوم تجربی که دنیای کنونی ما متأثر از آن است پیدا کند.
در حقیقت نظام علمی حاکم بر معنویت چنان دقیق است که ما به وضوح می توانیم تقارنی چشمگیر میان ابعاد مادی و معنوی «خودی» را نظاره گر باشیم.
ایمنی می تواند ذاتی یا اکتسابی باشد.
ایمنی ذاتی: 

شامل فرآیندها و عناصری است که شخص با آنها به دنیا می آید و این عناصر عمواره بدون آمادگی قبلی جهت محافظت فرد در مبارزه با مهاجم خارجی حضور دارند. این عناصر به طور کلی شامل سطوح بدن و اجزای داخل بدن می باشند. سطوح بدن مثل پوست و غشاهای مخاطی بدن و واکنش عطسه و سرفه که در برابر عوامل محیطی، سد موثری ایجاد می کنند. عناصر داخلی متعددی نیز نمایانگر ایمنی ذاتی هستند از جمله تب و یکسری مواد ترشح شده از گلبولهای سفید (لکوسیتها) مثل اینترفرون و همچنین یک سری از پروتئینهای موجود در سرم مثل بتالیزین، آنزیم لیزوزیم.
این نوع ایمنی در بدو تولد می تواند با فطرت پاک انسانی قابل مقایسه باشد. یک نوع ایمنی اولیه که بسیار ساده است ولی در عین حال به عنوان زمینه ای برای مبارزه ی کمکی در برابر عوامل بیماری زای معنوی محسوب می شود. «ایمنی ذاتی بیولوژیکی» همان « ایمنی فطری معنوی» یا همان « شهود وجدانی» است.
همه ما با فطرت و سرشتی نیکو آفریده می شویم. این سطح از ایمنی می تواند عیوب رذایل را تشخیص دهد و با انواع خفیف آنها مبارزه کند.
ایمنی اکتسابی: از ایمنی ذاتی اختصاصی تر است و تنها در مهره داران وجود دارد زمانی این نوع ایمنی جلوه گر می شود که شخص با یک عامل خارجی تماس پیدا کند. تماس اولیه با عامل خارجی، زنجیره ای از وقایع را راه اندازی می کند که به فعال شدن نوع خاصی از گلبولهای سفید به نام لنفوسیتها منجر می شود و این سلولها پروتئینهایی را با خاصیت ویژه در برابر عوامل خارجی تولید می کنند که به آنها «آنتی بادی» می گویند. با این روند، فرد در برخورد بعدی با عامل آزار رسان، مقاومتر می شود و به اصطلاح ایمنی به دست می آورد که به آن ایمنی اکتسابی می گویند.
در واقع ایمنی اختصاصی مکانیسمی است که انسان با آمدنش در این دنیا (برخورد با آنتی ژن) به آن نیاز پیدا کرده است و در واقع داشتن «اختیار» است که وجود این سیستم را ضروری می نماید. عوامل خارجی و حجابها در این دنیا بسیارند که دیگر ایمنی ذاتی (فطری) (نبی باطن) کفاف مبارزه با آنها را نمی دهد و نیاز به نبی ظاهر و ارشادهای حاصل از تعلمیات آنهاست تا بدین نحو جلوی برخورد با عوامل خارجی (رذایل) را بگیرند و در صورت عدم اجتناب از آنها، با آنها با نحو مقتضی مبارزه نمایند.
به قول مولوی
صد هزاران دام و دانه است ای خدا                 ما چون مرغان اسیر و بینوا
این عوامل خارجی که به تعبیر مولانا «موانع کمال» به حساب می آیند، عده ای از آنها «موانع معرفتی» کمال هستند مانند: تکیه بر حواس ظاهری، وهم و خیال، پیروی از عقل جزوی، تقلید کورکورانه و.... و شماری دیگر «موانع غیر معرفتی» کمال مانند: دل بستن به دنیا و مال و ثروت، تکبر، شهوت، حسد، خشم و ..... که در بخش (آنتی ژن و آنتی بادی) به ذکر و قیاس آنها با سیستم ایمنی بدن می پردازیم.
آفتی نبود بتر از ناشناخت            تو بر یار و ندانی عشق باخت
(دفتر سوم مثنوی)
روند ایجاد عمدی ایمنی اکتسابی را واکسیناسیون (تزریق واکسن) می گویند. یعنی نوزاد، کودک یا فرد بزرگسال را، عمداً در معرض عامل بیماری زا قرار می دهند تا شخص نسبت به آن ایمنی پیدا کند و در برخوردهای بعدی با همان عامل بیماری زا، بدن وی نسبت به آن مقاوم باشد. ترکیبی که در برابر آن پاسخ ایمنی اکتسابی ایجاد می شود « آنتی ژن» نام دارد.
ایمنی سازی به دو روش فعال  و غیر فعال انجام می شود. در نوع فعال مانند تجربه ی ادوارد جنر و واکسیناسیون روزمره، سیستم ایمنی فرد به وسیله ی تجویز آنتی ژن، فعال می شود. ولی در نوع غیر فعال یا پاسیو (گذرا) فرد غیر ایمن به وسیله ی انتقال آنتی بادی ضد عامل محرک خارجی، ایمن می شود.

1- اختصاصی بودن
2- تمایز بین خودی و غیر خودی: توانایی شناخت و پاسخ به مولکولهای بیگانه و غیرخودی و اجتناب از پاسخ به مولکولهای خودی، از مشخصات دیگر پاسخ ایمنی است. در واقع خودی وغیر خودی دو تجلی از یک حقیقتند. 

بی جهت نبوده است که مولوی گفته است که
عاشقم بر لطف و بر قهرش به جد بوالعجب من عاشق این هر دو ضد
3- خاطره ی ایمنی: از خصوصیات سیستم ایمنی بدن (مانند سیستم عصبی) توانایی به خاطر آوردن تماس قبلی با مولکولهای بیگانه است و پاسخ بزرگتر و سریعتری را به علت «آموزش قبلی» ایجاد می کند. از این بخش نیز باید الهام بگیریم و تمام فضایل را ملکه ی ذهن نماییم تا بتوانیم در رویارویایی با ابتلاآت بر آنها فایق آییم.
4- تنوع: سیستم ایمنی قادر به پاسخگویی به طیف وسیعی از آنتی ژن ها با ساختار مولکولی متفاوت است و توانایی دارد به مولکولهایی که قبلاً بدن با آن برخورد نکرده است پاسخ دهد. علت آن به جهت تغییر پذیر بودن ساختار مولکولی محلهای اتصال به آنتی ژن بر روی غشای لنفوسیتها، یعنی سلولهای مسئول پاسخ ایمنی است.
5- خود محدودی: تمامی پاسخهای ایمنی به مرور زمان و پس از قطع تحریک آنتی ژنی رو به کاهش می گذراند و لنفوسیتها که با واسطه ی آنتی ژن برای پاسخ ایمنی تحریک شدند، بعد از انجام وظیفه، یعنی افتراق بیگانه از خودی و انهدام آن، یا از بین می روند و یا به سلولهای یادگار که بالقوه خاموش و مسوول ایجاد خاطره در سیستم ایمنی هستند، تبدیل می شوند.

هر گونه افراط و تفریط در زندگی ( در هر کاری) می تواند ما را به بیراهه بکشاند. بنابراین مکانیسمهای کنترلی باید در کار باشند تا انسان بتواند در مسیر ایمنی معنوی خط اعتدال را بپیماید.
پاسخهای ایمنی اختصاصی بر اساس اجزای شرکت کننده در پاسخ به دو گروه تقسیم می شوند:
1- ایمنی هومورال: این نوع ایمنی با واسطه ی مولکولهایی است که در خون وجود دارند و مسوول شناسایی اختصاصی آنتی ژن ها هستند و انهدام آنها را بر عهده دارند. این مولکولها همان آنتی بادی ها هستند.
2- ایمنی سلولی: این نوع ایمنی با واسطه ی سلولهای T است.

به طور کلی هر پاسخ ایمنی به عامل بیگانه شامل 3 قسمت است: مرحله ی شناسایی، مرحله ی فعال شدن و مرحله ی اجرا
1) مرحله ی شناسایی: در این مرحله آنتی ژن های بیگانه به گیرنده های اختصاصی خود بر سطح لنفوسیتهای بالغ متصل می شوند.
2) مرحله ی فعال شدن: در این مرحله از پاسخ ایمنی، متعاقب شناسایی اختصاصی آنتی ژن، لنفوسیتها تکثیر و تمایز می یابند. تکثیر باعث گسترش لنفوسیتهای اختصاصی آنی ژن مربوط خواهد شد. گروهی سلولهای اجرایی می شوند که وظیفه ی آنها دفع آنتی ژن است و گروه دیگر به سلولهای مسئول حفظ خاطره ی ایمنی تبدیل می شوند و گروهی هم می میرند.
3) مرحله ی اجرا: مرحله ای است مشابه آماده شدن انسان در مرحله ی آفت شناسی و تجهیز کلیه نیروها برای مبارزه با هواها (آنتی ژن ها)

که در واقع به تعبیر مولانا « جام باده» است در کنار مرحله ی اجرا که این در کنار «جعد یار» قرار می گیرد.
یک دست جام باده و یک دست زلف یار
رقصی چنین میانه ی میدانم آرزوست

«غزلیات شمس»

پس در واقع مرحله ی اجرای پاسخ ایمنی اختصاصی، به نوعی تشدید و تمرکز مکانیسمهای دفاعی ایمنی ذاتی است و قابل قیاس با مرحله ی کارزار و جنگ انسان است یعنی همان جهاد اکبر. و حقیقتاً بسیار مشابه این عرصه ی جهاد است. زیرا انسان در جهاد اکبر، خود نفسانی را فراموش می کند و در واقع آماده ی فنا می شود، بلکه در فنا می زید! در سیستم ایمنی بدن هم براحتی چنین است، کلیه ی نیروها و لوازم دفاعی بدن که ذکر آنها رفت یک دست و یک صدا شده با عشقی فراوان و فقط به قصد از بین بردن بیگانه و حفاظت از حریم امن و ایمنی بدن، کاملاً عاشقانه تا حد فنا! می کوشند.
به طور کلی هر ماده ی بیگانه ای که باعث برانگیختن پاسخ ایمنی در بدن فرد شود ایمونوژن نام دارد. آنتی ژن به هر عاملی می گویند که به طور اختصاصی به لنفوسیتها و آنتی بادی ها (اجزای ایمنی اختصاصی) متصل شود.
پس همه ی ایمونوژن ها آنتی ژن هستند ولی همه ی آنتی ژن ها،‌ایمنی زا نیستند و برای ایمنی زایی شرایطی لازم است. اهم این شرایط عبارتند از: بیگانه بودن، وزن مولکولی بالا،‌پیچیدگی مولکولی و شیمیایی
کمک آنتی ژن ها یا هاپتنها: یکسری از آنتی ژن ها هستند که به دلیل وزن مولکولی پایین علیرغم اتصال به گیرنده های اختصاصی بر روی سلولها،‌توانایی تحریک پاسخ ایمنی را ندارند. به این موادها هاپتن می گویند. اگر این مولکولها با ترکیباتی با وزن مولکولی بالا متصل شوند به ماده ای ایمونوژن تبدیل می شوند.
اپی توپ: در آنتی بادی ها یا گیرنده های لنفوسیت،محلی جهت اتصال به آ‌نتی ژن وجود دارد که از نظر ساختمان، قالب مکمل قسمتی از آنتی ژن اختصاصی می شود. به این قسمت از آنتی ژن که به طور اختصاصی به محل اتصال آنتی باید متصل می شود، شاخص آنتی ژنی یا اپی توپ می گویند. آنتی ژن ها ممکن است در مولکولهای خود دارای یک محل اتصال یا اپی توپ باشند که در آن صورت این قسمت در واقع همان هاپتن است و همچنین ممکن است حاوی تعداد زیادی از اپی توپ مشابه بر روی یک مولکول باشد. شایع ترین نوع آنتی ژن ها به صورت یک مولکول پروتئینی است که چندین شاخص آنتی ژنی با ساختمان متفاوت، در این مولکول قرار دارد.

از نظر ساختمان شیمیایی آنتی ژن ها به چند دسته تقسیم می شوند:
1- پروتئینها: اصلی ترین دسته آنتی ژن ها هستند و در مولکول خود حاوی چندین نوع اپی توپ مختلف می باشند. (آنتی ژن های چند شاخصی هستند). هر چه ساختمان پروتئین پیچیده تر باشد، پاسخ ایمنی ایجاد شده قویتر است.
2- پلی ساکاریدها: به صورت بالقوه، اما نه همیشه، ایمونوژن هستند. معمولاً بخشی از یک ساختمان پیچیده می باشند، مانند گلیکوپروتئین های سطح سلول، که به طور کلی این ساختمان موجب تحریک پاسخ ایمنی  می شود که بخشی از آن مربوط به قسمت پلی ساکاریدی مولکول است. مثال آن در انسان،پاسخ ایمنی در برابر گروه های خونی ABO است که آنتی ژن های پلی ساکاریدی هستند.
3- اسیدهای نوکلئیک
4- لیپیدها: غالباً به عنوان هاپتن عمل می کنند و به تنهایی ایمونوژن نیستند.

پروتئین هایی محلول هستند که توسط لنفوسیتهای B، در جواب به تحریک آنتی ژن ترشح می شوند و خود می توانند به طور اختصاصی به آنتی ژن متصل شوند. به آنها ایمونوگلبولین، پادتن، آنتی کروگاماگلبولین (به علت قرار گرفتن در منطقه ی گامای الکتروفورز سرم) نیز گفته می شود. حدود 20  درصد پروتئین های پلاسما را تشکیل می دهند و ساختمان آنها گلیکوپروتئینی است که بر حسب نوع آنها 82 تا 96 درصد آنها پروتئین و 4-18 درصد آنها از قند تشکیل شده است.
ساختار کلی تمام مولکولهای آنتی بادی مشابه یکدیگر است و این تشابه به موجب اشتراک برخی ویژگی های فیزیکوشیمیایی خاص، نظیر بار الکتریکی و میزان حلالیت در بین آنها می گردد. زنجیره های سنگین و سبک آنتی بادی ها توسط پیوندهای دی سولفیدی به هم متصلند.علاوه بر پیوندهای دی سولفیدی بین زنجیره ای، پیوندهای دی سولفیدی داخل زنجیره ای هم  وجود دارد که باعث ایجاد حلقه (loop) در زنجیره و ایجاد یک ساختمان متراکم برای ایمونوگلبولین می شود که به راحتی توسط آنزیمها به اولیگوپپتیدها یا آمینواسیدها تجزیه نمی شود. مولکول آنتی بادی تنها در مناطق محدودی قابلیت شکنندگی توسط آنزیمها را دارد.
خواص بیولوژیک ایمونو گلبولین ها
رونی روبرت پورتر در سال 1959 برای اولین بار مولکول IgG را به وسیله ی آنزیم گیاهی پاپائین در مجاورت سیتئین از ناحیه ی لولا به سه قسمت تقسیم نمود. یک قسمت ازمولکول آنتی باید را که خاصیت اتصال به آنتی ژن دارد و از دو نقطه ی قرینه هم تشکیل می شود Fab می گویند و قسمت دیگر که به آسانی به صورت کریستال در می آید، قطعه کریستالیزه شونده یا Fc می نامند. هر قطعه ی Fab شامل یک زنجیره ی سبک و نیمی از زنجیره ی سنگین به نام Fd می باشد که به وسیله ی پیوند دی سولفیدی به هم متصلند. خواص بیولوژیک مولکول آنتی باید مربوط به قطعه Fc آن است.
1- فعال کردن پروتئینهای سیستم کمپلمان
2- عبور از جفت: فقط IgG
3- ایمونوگلبولین ها می توانند از ناحیه ی Fc به سطح سلولهای سیستم ایمنی و بعضی از سلولهای دیگری متصل شده و سلولها را به انجام یکسری اعمال بیولوژیکی مثل تشدید عمل بیگانه خواری یا آزاد سازی ماست سل ها و بازوفیل ها، وادار سازند.
IgG
IgG از نظر مقدار، بیشترین ایمونوگلوبین سرم و ترشحات داخلی بدن را تشکیل می دهد. چهار زیر کلاس دارد که مقدار IgG1 از همه بیشتر است (60-70 درصد). نیمه عمر آن به طور متوسط 21-23 روز است (به جز IgG3 که 7-9 روز است) و در موارد کاهش یا نقص گاماگلبولین نیمه عمر آن افزایش می یابد. به همین دلیل آنتی بادی مزبور، مناسب ترین ایمونوگلبولین برای ایمن کردن غیر فعال است. در موارد افزایش غلظت IgG مثل بیماری مولتیپل میلوما، نیمه عمر آن کاهش می یابد. مقدار طبیعی IgG در افراد بالغ mg/dl 1250 است.
اهمیت IgG در عبور آن از جفت و انتقال ایمنی از مادر به نوزاد است و ایمونوگلوبین های مادری تا ماه 8 یا 9سن نوزاد،در بدن وی باقی می مانند.این آنتی بادی نوزاد را در برابر عفونتهایی که مادر مصونیت داشته است،مصون نگه می دارد.
IgA دومین ایمونوگلبولین سرم از نظر فراوانی است. مولکول آن در سرم غالباً به صورت منومر است ولی ترشحات خارجی بدن از جمله ترشحات مخاطهای تنفسی گوارشی به صورت دیمر می باشد. یعنی معمولاً از دو واحد ساختمانی آنتی بادی تشکیل شده است که اکثراً از ناحیه Fc به هم متصلند. عامل اتصال هم یک مولکول گلیکوپروتئینی با یک قلمرو است به نام زنجیره ی اتصال یا J-chain که توسط پلاسموسیت های موجود در لایه ی لامینا پروپریای مخاط تولید می شود. علاوه بر آن مولکول IgA ترشحی دارای یک قطعه ترشحی است که توسط سلولهای پوششی مخاط و غدد ترشحی خارجی انسان و سایر حیوانات تولید می شود.
IgM
IgM بزرگترین ایمونوگلبولین بدن است و به صورت پلی مر در بدن وجود دارد. از پنج واحد ساختمانی کاملاً شبیه به هم تشکیل شده است که توسط پیوندهای دی سولفیدی در نواحی CH3 و CH4 به هم  متصلند و همراه با آن یک زنجیره ی پلی پپتیدی اضافی به نام J-Chain یا زنجیره ی اتصال با پیوندهای دی سولفیدی، انتهای دو زنجیره ی سنگین انتهایی از حلقه ی پنتامر مولکول IgM را به هم وصل می کند. مولکولهای IgM به شکل ترشحی در ترشحات خارجی بدن به مقدار اندک وجود دارند و حاوی قطعه ترشحی (همانند SIgA) هستند. مقدار طبیعی IgM در یک شخص بالغ حدود mg/dl 100 و نیمه عمر آن 5 روز است.
IgD
مقدار آن در سرم بسیار کم و حدود  20-50 می باشد و در سی درصد افراد از این مقدار نیز کمتر است. نسبت به حرارت، اسید و مواد احیا کننده در مقایسه با سایر کلاسهای ایمونوگلبولین بسیار حساس تر است. لنفوسیت های B بالغ، دارای مولکولهای IgD و منومر IgM در ساختمان غشای سلول می باشند که به عنوان گیرنده ی آنتی ژن در سطح سلول B  عمل می کنند.
IgE
IgE کمترین ایمونوگلبولین بدن از نظر مقدار است. به صورت منومر در سرم و مایعات بدن می باشد. نیمه عمر آن در سرم دو روز و نیم ولی در سطح سلولهای بازوفیل و ماست سل 2 تا 3 هفته است. مانند IgD نسبت به حرارت و اسید و مواد احیا کننده حساس است. مقدار طبیعی IgE سرم در افراد بالغ mg/dl 01/0 است و مقدار آن را معمولاً به صورت واحد بین المللی بیان می کنند که هر واحد بین المللی برابر 3/2 نانو گرم IgEمی باشد. میزان آن به صورت 90 واحد بین المللی در یک سانتی متر مکعب سرم می باشد که البته مقدار بین 29 تا 800 متغیر است. میزان آن در بیماری های انگلی و بیماری های آلرژی افزایش می یابد.
به این آنتی بادی هموسیتوتروپیک  یا دوستدار سلول خودی می گویند. علت آن این است که در غیاب آنتی ژن نیز، مولکولهای IgE به بازوفیل ها و ماست سل ها متصل می شوند. زیرا این سلولها دارای گیرنده هایی با میل ترکیبی بالا برای قسمت Fc مولکول IgE هستند. تشکیل کمپلکس IgE و آنتی ژن منجر به خارج شدن مواد و ازواکتیو مانند هیستامین می شود و از طرف دیگر به تولید فرآورده های متابولیسم اسید آراشیدونیک مانند لکوترین ها و پروستاگلاندین ها منجر می گردد که سبب بروز تظاهرات آلرژیک و آنافیلاکسی می شوند. به این واکنش ها و پاسخ های ایمنی که در آن پاسخ ایمنی به آنتی ژن بیگانه برای بدن زیانهای دارد واکنش های ازدیاد حساسیت می گویند که در یک نوع آن (تیپ I)، آنتی بادی IgE نقش مهمی را دارد.

عملکرد اجرایی یک مولکول آنتی بادی با اتصال به آنتی ژن آغاز می گردد که بر حسب ساختار، ایزوتایپ و موقعیت آناتومیک به پیامدهای مختلف می انجامد:
1- آنتی بادی های غشایی: اتصال آنتی ژن به سلول های B اختصاصی برای آن آنتی ژن پیامی محسوب می شود که آغازگر روند تکثیر همان کلون لنفوسیتی و ترشح آنتی بادی می باشد. عمل شناسایی آنتی ژن توسط آنتی بادی های غشایی موجود بر سطح سلول های B انجام می شود. این مولکولهای ایمونوگلبولین غشایی از لحاظ ساختار با مولکول ایمونوگلبولین از همان ایزوتایپ، مختصری تفاوت دارند و دارای زنجیره ی پپتیدی با 26 اسید آمینه ی اضافی در انتهای کربوکسی خود هستند که از غشا عبور می کنند و به سیتو پلاسم می رسند.
2- خنثی سازی آنتی ژن توسط آنتی بادی ترشحی: همان طور که در مورد ویروسها و IgG گفته شد، آنتی بادی های ترشحی با اشغال جایگاه های آنتی ژنی عوامل بیماری زا مثل سموم، داروها، ویروس و باکتری ها، از اتصال آنها به پذیرنده های آنها در سلول های بدن جلوگیری نموده و بدین ترتیب عوامل مضر را خنثی می کنند.
3- سازش پذیری آنتی بادی: بسیاری از اعمال مولکولهای آنتی بادی به وسیله قسمت Fc آنها انجام می شود و به همین دلیل اخلاف حاصل از یک سو سلول B می توانند ایزوتایپ های مختلف یک نوع ایمونوگلبولین را بسازند بدون این که محل اتصال به آنتی ژن دستخوش تغییر گردد. تولید این ایزوتایپ های مختلف زنجیره ی سنگین موجب هدایت پاسخهای ایمنی همومورال به مسیرهای عملکردی مختلف می شود و با حفظ اختصاصی بودن آن نوع آنتی بادی برای آنتی ژن، اعمال اجرایی مختلفی فعال می گردند. به این کار سازش پذیری آنتی بادی می گویند.
4- فعال شدن کمپلمان به وسیله IgG و IgM: کمپلمان یا مکمل شامل خانواده ای از پروتئین های سرم هستند که به دنبال یک فرآیند آبشاری فعال شده و مولکولهای اجرایی مختلفی را بوجود می آورند و به طور کلی به عنوان مکمل عمل آنتی بادی های در جهت لیز سلولهای هدف خاص، عمل می کنند و میانجی بسیاری از اعمال لیز کننده ی سلولی و التهابی ایمنی هومورال می باشند. تنها برخی از ایزوتایپ های خاص قادرند کمپلمان را (از مسیر کلاسیک) فعال کنند که شامل IgG1 ، IgG3 ، IgM هستند.
5- اپسونیزاسیون یا تسهیل سازی بلع: فاگوسیتهای تک هسته ای و گرانولوسیت ها هر دو قادرند ترکیبات ذره ای را قبل از تجزیه ی داخلی سلولی و انهدام ببلعند که به این روند بیگانه خواری می گویند که شامل اتصال به ذرات بیگانه و سپس محصور کردن ذره در درون غشا می باشد. هر دوی این سلولها حاوی گیرنده هایی برای قسمت Fc زنجیره ی گاما () مربوط به IgG می باشند که باعث اتصال اختصاصی غشای فاگوسیتها به ذرات بیگانه و افزایش چشم گیر روند فاگوسیتوز می شوند. به این فرآیند اپسونیزاسیون می گویند. علاوه در افزایش اتصال ذرات به فاگوسیتها، پیوند IgG به گیرنده ی سطح سلولی، احتمالاً باعث افزایش فعالیت متابولیک فاگوسیتها نیز خواهد شد که باعث افزایش تخریب داخلی سلولی ذرات بلعیده شده خواهد شد.
6- ایمنی مخاطی با واسطه ی IgA: قبلاً ذکر شده است.
7- ایمنی در دوران نوزادی با واسطه IgG مادر
8- سلول کشی یا سایتوتوکسی سیته وابسته ی به آنتی بادی و با واسطه ی سلول (ADCC): در بسیاری از مواد لازم است که سلول هدف قبل از لیز  توسط لکوسیتها به وسیله ی ایمونوگلبولین اختصاصی خود،‌ به خصوص ایزوتایپ IgG پوشیده شده باشد که شناسایی آنتی بادی متصل شده از طریق یک گیرنده ی لکوسیتی با میل پیوندی کم برای قسمت Fc زنجیره ی گاما انجام می شود. نام آن مارکر CD16 است و بر سطح NK سلولها و نوتروفیل ها قرار دارد. این نوع فرآینده انهدام را سلول کشی وابسته به آنتی بادی و با واسطه ی سلول (ADCC) می گویند.
اتصال IgG به سلولهای هدف باعث می شود که اولاً‌ شناسایی این سلولها توسط NK که نقش اصلی را در فرآیند ADCC بازی می کنند، راحت تر باشد و دیگر این که سبب فعال شدن سلول های NK در جهت تولید و ترشح سایتوکاین هایی نظیر عمل عامل نکروز دهنده ی تومور (TNF) شود که این سایتوکاین ها همراه با گرانولهای آزاد شده این سلول ها به عنوان میانجی های واکنش های التهابی و لیز کننده ی سلولی عمل می کنند. جالب اینجاست که IgG های منومر موجود در پلاسما به علت میل پیوندی کم این گیرنده قادر به تحریک سلول های NK نیستند. مکانیسم مشابهی توسط ائوزینوفیل ها و IgE برای از بین بردن انگلها نظیر کرمها،‌اجرا می شود. نوتروفیل ها و فاگوسیتهای تک هسته ای قادر به لیز انگلها نیستند.
9- مهار فیزیکی پاسخهای ایمنی : جمعیتی از لنفوسیتها گیرنده هایی نیز برای قسمت Fc ایزوتایپ های مختلف ایمونوگلبولین دارند که قادرند عمل لفنوسیتها را تنظیم نمایند، از جمله اتصال IgG از قسمت Fc به گیرنده ی آن در سطح سلول های B که به مهار فعالیت سلول های B منجر می شود.
قدرت عملکرد تفکرات دانی و پلید به حدی نیست که نیازی به برانگیخته شدن پاسخهای عالی روح به آنها باشد که ما به این گونه افکار آنتی ژن معنوی می گوییم.
آنتی بادی معنوی نیز در واقع افکار مثبت و عالی و الهی است که انسان بر ضد افکار دانی، پلید و شیطانی تولید می کند.
مواد اولیه این کارخانه جات کوچک نیاتی هستند که بر حسب وظیفه و برای رضای خدا می نماییم و آنتی بادی نیز در واقع افکار مثبت و عالی و اعمال ما در واقع ماحصل نتیجه ی  این پیروزی آنتی بادی بر آنتی ژن معنوی است.

1- هر چه فکر دانی تر باشد
2- هر چه درجه ی عقلانی
3- هر چه آن فکر، پیچیده تر باشد
آنتی ژن های برونی از روحهای منفی بشری سرچشمه می گیرند افرادی که خود از نظر فکری و معنوی آلوده هستند بسیار خطرناک اند و باعث آلودگی روح انسان می شوند. عده ای هم آنتی ژن درونی هستند که از درون انسان برانگیخته می شوند و در عالم معنا، همان غلیانها و طغیانها نفس ماست که به نص قرآن بر اثر غنا، نفس طاغی می شود.
الف)آفتها و موانع معرفتی کمال انسان
1- تکیه بر حواس ظاهری: حواس پنچگانه ی ظاهری در نظر مولانا نقش بسیار اندک و ناچیزی در شناخت حقایق جهان بر عهده دارند
2- وهم و خیال: مولانا در مورد تکیه بر وهم و خیال چنین نظر می دهد.
3- پیروی از عقل جزوی: عقل جزوی زندانی ادراکات بشری است و سراسر جغرافیای معرفت او محدود به آگاهیهایی است که وسایل و اسباب برای او حاصل می کنند و این امر موجب می شود تا چشم او از دیدن حقیقت بسته بماند.
مولانا بر این عقیده است که عقل جزوی از استبداد و خویشتن بینی مدعی است که به همه ی اسرار جهان آگاهی دارد ولی درست به همین دلیل است که نمی تواند عشق را دریابد و نیز همین امر موجب رانده شدن او از آستان الهی گردیده است.
4- پیروی از هوی و هوس: نفس آدمی دوزخی است که چون شراره ای از آن دامن او را به چنگ آرد همه ی هستی او را بسوزاند و هر لحظه اشتهای سیری ناپذیرش افزونی گیرد.
کثرت آنتی ژن ها،‌کثرت آنتی بادی ها را به لحاظ نوع و عملکرد می طلبد.
طلب نیز اولین منزل از منازل هفت گانه ی سلوک عرفانی است.
دستگاه بیگانه خوار (فاگوسیتوز)
بیگانه خوارهای اصلی شامل نوتروفیل ها و مونوسیتها هستند که نوتروفیل ها در التهاب حاد و کشتن میکروبها و دومی در التهاب مزمن درگیر می شوند. نوتروفیل ها و مونوسیتها از یک جد سلول بینادی چند ظرفیتی در مغز استخوان مشتق شده اند.
در شرایط طبیعی در حدود 5 روز این سلول ها در این مخزن ذخیره ای می مانند و سپس در گردش خون آزاد می شوند که حدود 8-10 ساعت در گردش خون هستند و سپس به بافتها مهاجرت می نمایند و در آن جا 1-2 روز زنده می مانند.
 مونوسیتها: از خصوصیات این سلولهای بزرگ بیگانه خوار، وجود یک هسته ی بزرگ لوبوله و سیتوپلاسم خاکستری فراوان است که دارای گرانولهای آزوروفیلیک ظریف هستند. به طور طبیعی 5-1% لکوسیتهای در گردش را تشکیل می دهند. مونوسیتها بر خلاف نوتروفیل ها مخزنی اضافی در مغز استخوان ندارند و مونوسیتهای رسیده چندین روز زودتر از نوتروفیلهای مغز استخوان در گردش خون آزاد می شوند. نیمه عمر مونوسیت در خون 8 ساعت است. توانای انجام اعمال گوناگون بیگانه خواری در محلهای التهاب، در پاسخ به فرآورده های باکتریایی، در مورد مونوسیت بیشتر از نوتروفیل است. با وجود این نوتروفیل ها، سلول های بیگانه خوار اصلی محسوب می شوند زیرا  حرکت آنها از مونوسیت سریعتر است.
مونوسیتها بعد از این که گردش خون را ترک کردند وارد نسوج می شوند و در آن جا به ماکروفاژهای بافتی تبدیل می شوند که تا 2 سال زنده می مانند و اعمال آنها زدودن مواد زاید و باکتری های هضم شده است.
توانایی سلول های بیگانه خوار در مهاجرت به محلهای عفونت و یا التهاب یا پدیده ی کموتاکسی، شناخته شده است.
خوردن ذرات، یک جریان فعال است که همراه با تجمع و جدا شدن عناصر قابل انقباض و تشکیل پاهای کاذب به دور ذرات بیگانه و در نهایت ایجاد یک فاگوزوم می باشد. پس از بلع کامل ذره ی بیگانه و تشکیل فاگوزوم،‌گرانولهای داخلی سلولی به غشای فاگوزوم متصل شده و محتویات خود را به داخل آن می ریزند (فرآیند دانه زدایی) که موجب کشته شدن و هضم میکروب ها می شود. گاهی نیز تحریکات ناشی از مواد کموتاکسی محلول در محل التهاب، موجب به هم ریختگی میکروتوبول های جمع شده و در نتیجه باعث وقفه ی بلع و تبدیل سلول های بیگانه خوار به حالت ترشحی می شود و محتویات گرانولها به خارج سلول می ریزد و جریان التهاب را تشدید می نماید.
دستگاه کشنده میکروب سلولهای بیگانه خوار مشتمل بر موادی مانند آنیون سوپر اکسید (O2)، پراکسید هیدروژن (H2O2)، رادیکال هیدروکسیل (OH) و آلدئیدهای کشنده باکتری (RCHO)، هیپوکلروس اسید و کلرامین هاو مواد ترشحی تنفس سلولی هستند. میلوپراکسید از موجود در گرانولهای آزوروفیلیک که در طی فرآیند دانه زدایی به داخل فاگوزوم وارد می شود، از طریق هالوژن هایی نظیر ید و کلر، موجب تشدید این فعالیتها می گردد.
ابتدایی ترین وظیفه ی سیستم ایمنی تفریق و تمایز خودی از بیگانه است. به عبارت دیگر سیستم دفاعی بدن باید از فرآیندها و ادوات خاص و حساب شده ای به منظور تأمین این مقصود استفاده کند. بدیهی است اولین نماز و ضرورت در این راستا، لزوم حضور علائم و رمزهای خاص بر سطح سلولها و بافتهای بدن است که بدان وسیله کلیه ی سلولها و بافت های بدن برای دستگاه دفاعی به عنوان خودی قلمداد می شوند.