1. کمبود آنزیم می باشد. 
2. اشکالات آنوتومیک یا سیستم ساختاری بدن می باشد. مثلا افرادی که فتخ دیافراگمی، درد بالای معده، تنگی نفس، رفلاکس، زخم معده دارند شاید با غذا خوردن مشکل پیدا کنند.
3. اثرات دارویی هستند که غذاها دارند. مثلاکافئین وقهوه باعث درد شکم شود این مورد اتهام آلرژی بی مورد می باشد که یک نوع واکنش فارموکلاژیک و دارویی می باشد که کافئین انجام داده. 

مثلا کسی آنزیم لاکتاز ندارد ممکن است با خوردن شیر و لبنیات دچار اسهال شود و یا آنزیم پانکراس کم باشد و مشکلاتی ایجاد کند ممکن است کسی با خوردن غذایی که فروکتاز آن کم می باشد دچار یرقان، تهوع شود

ممکن است که آنزیمی به نام هیدروژناز کم باشد که این افراد الکل یا انگور مصرف کنند این افراد در آن زمان است که دچار گرفتگی بینی می شوند.

بحث کاکائوی تلخ، برگ چای باعث بی خوابی و بی قراری می شود که در واقع ماده ای به نام تئوبرومین که فرد احساس بی قراری می کند.

بحث دیگر تیرامین می باشد که در غذاهای تخمیری و دوده می باشد بخصوص پنیری که از سویا درست می کنند که به آن توفو می گویند یا اگر مثلا ترکیب کلم با سرکه،باقله که دچار میگرن می شود. پس اگر کسی پنیر یا کلم با سرکه خورده شود و میگرن بازگشت به خاطره ماده تیرامین می باشد. 

گاهی اوقات غذاهای مصرفی که در آن هیستیدین باشد اگر حاصل تخمیر باکتری ها و قارچ ها، هیستدین به هیستامین تبدیل شود باعث علامت آلرژی می شود و باید برای ضد آن قرص های ضدهیستامین مصرف شود. 

بعضی از افراد ماهی را می گذارند تا بماند یا بگندد و یا در مشروبات زمانی که تخمیر انجام می شود ممکن است با خوردن آن دچار سردرد و گر گرفتگی شوند که به خاطر هیستامینی است که بدست آمده.

ماده دیگری به نام سروتونین می باشد که محصولات آجیل ها مانند گردوهای آمریکایی، موز سبز، آناناس، کیوی، گوجه فرنگی، خرما، سبزیجات بیشتر می باشد درواقع علامت های سروتونین مانند تپش قلب، گر گرفتگی پیدا میکنند این افراد اشتباها آن را با آلرژی اشتباه می گیرند بلکه این یک نوع اثر فارموکلوژیک ماده سروتونین در غذاها می باشد.