بیشترین عارضهاسپری کورتن بینی ، تحریک موضعی و احساس سوزش در مخاط بینی است.

تقریباً 5 تا 10% بیمارانی که بیش از دو هفته از این نوع داروها استفاده می کنند، با فین کردن شدید دچار درجاتی از خون دماغ می شوند.

این عارضه پس از 3 تا 5 روز از قطع دارو خود به خود برطرف می شود.

بهتر است پس از استفاده دوباره، اسپری با مقدار کمتر استفاده و پیش از آن در داخل بینی کرم مرطوب کننده یا روغن مخصوص بینی مالیده شود.

عوارض جانبی این داروها بسیار نادر است. تحقیقات گسترده ای از نظر سرکوب غده آدرنال پس از استفاده از اسپری کورتن بینی انجام شده است که ارتباطی را نشان نداده است.

به نظر می رسد در کودکان استفاده از این داروها با کاهش رشد قد همراه است.

یک پژوهش به مدت یک سال اثر مومتازون، فلوتیکازون و بودزوناید را بر کودکان 3 تا 11 سال بررسی نمود که با هیچ گونه کاهش رشد قدی همراه نبود.

همچنین، تحقیقات نشان دادند این داروها با عوارض چشمی مانند گلوکوم و آب مروارید همراه نیست.

بنابراین، اسپری کورتن بینی، دارویی کم عارضه، مطمئن و دارای اثر درمانی مناسبی است.

اسپری کورتن نباید در قسمت میانی، نزدیک به دیواره غضروفی بین دو بینی (سپتوم) استفاده شود، زیرا این ناحیه خونرسانی ضعیفی دارد و عروق آن در اثر تماس با استرویید تنگ شده که خود سبب خشکی و در نهایت خونریزی بینی می شود.
 

تزریق کورتن منحصراً مخصوص حملات شدید و یا بیماری مزمن و پیشرفته می باشد و تکرار بی رویه آنها هر چند سود آنی ولی ضررهای جدی در برخواهد داشت و تعداد تزریقات و فاصله بین آنها بستگی به نظر پزشک خواهد داشت.البته تزریقات آنتی بیوتیک و یا مصرف خوراکی آنها که برای درمان عفونت(نه هر خلطی)نسخه شده است بایستی به طور منظم تا آخر انجام شود و در مورد سینوزیت مزمن مصرف منظم آنها برای هفته ها ادامه خواهد داشت.